- Retirada da mata ciliar;
- Queima das formações arbóreo-arbustivas de campo;
- Assoreamento do leito outrora navegável, com transbordamentos em épocas de cheia;
- Existência de mais de 700 pontos de tomada de água por bombas de irrigação;
- Inúmeros afluentes interrompidos por barragens sem planejamento;
- Exploração intensa de areia nas margens e no leito dos rios;
- Contaminação das águas por defensivos agrícolas e efluentes líquidos de diferentes origens (salienta-se a inexistência de dados sobre poluição das águas por substâncias químicas).
Os trabalhos previstos subdividir-se-ão em duas etapas, de acordo com os pontos em melhor estado de conservação, os pontos mais críticos, as recomendações e os procedimentos necessários aos objetivos do Comitê: a primeira abrange desde as nascentes do rio Santa Maria (em Dom Pedrito) e toda a área compreendida no Município de São Gabriel. A segunda etapa concerne aos Municípios de Rosário do Sul e Cacequi. No Município de Dom Pedrito, está prevista no projeto a construção de duas barragens nas cabeceiras do rio Santa Maria, cujas finalidades essenciais são a ampliação da área irrigável, bem como a regularização do volume de águas.
No território de Rosário do Sul, encontra-se a porção leste da Área de Proteção Ambiental (APA) do Ibirapuitã, iniciativa da Fundação Rio Ibirapuitã, organização não-governamental, abrangendo cerca de 318.000 hectares (nos municípios de Rosário do Sul, Alegrete, Quaraí e Santana do Livramento). Criada em 1976:
Em estudos e observações realizadas pelo IBAMA, localizaram-se 148 das 563 espécies de aves do Rio Grande do Sul, incluindo algumas em extinção, como o Gavião-bombachinha e a Águia-chilena, e mamíferos, como a Lontra, lobo-guará, Veado-campeiro, Mão-pelada, Bugio, Zorrilho, sorro, graxaim-do-campo, emas, entre outros. No Município de Rosário do Sul encontra-se a Serra do Caverá, lugar do qual a FURI mais reclama acerca de desmatamentos e queimadas em algumas de suas áreas.
Principais rios da bacia em Rosário do Sul: arroios Caverá, Caverazinho, Ibirapuitã-Chico.
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